Veemajanduse osakonnal on laialdane koostöö Eesti ja välismaa uurimis- ja riigiasutusteasutustega, jt organisatsioonidega, labiviimaks väga erineavaid teadus-arendusprojekte. Suuremad projektid:
Aktiivsete märgalameetmete abil toitainekoormuse vähendamine Läänemeres
Periood 2010-2012
http://www2.wwf.fi/english/finland/active_wetlands_reducing/
Periood 2012-2014
Periood 2011-2014