Veemajanduse osakonna eelkäijaks oli 1922.a. Tartu Ülikoolis asutatud maaparanduse (kultuurtehnika) ja geodeesia kabinet, mille juhatajaks aastatel 1922…1924 oli dots. Josef Kozeny ja aastatel 1924…1944 dots., a-st 1927 prof. Leo Rinne. Kabinet nimetati 1938.a. Maaparanduse ja Sookultuuri Instituudiks ja 1944.a. sai sellest TRÜ põllumajandusosakonna maaparanduse ja sookultuuri kateeder. Selle nimetusega eksisteeris kateeder kuni EPA moodustamiseni 1951.a.
EPA algaastal õpetati maaparandust geodeesia kateedri juures, millest 1952.a. eraldus hüdromelioratsiooni (a-st 1964 maaparanduse) kateeder. Kateedrisse asusid kauaaegsele tööle J. Kuum (1951), A. Maastik (1952), M. Sepp (1952), J. Laurand (1953), K. Alekand (1954), H. Haldre (1956), K. Mägi (1956), mõnevõrra hiljem V. Tamm (1963), V. Paalmäe (1968).
Kateeder oli maaparanduse erialal ainsaks profileerivaks kateedriks, seetõttu õpetatavate ainete arv kasvas 1970.a.-ks üle 20. Õppetöö paremaks korraldamiseks jagunes kateeder 1971.a. kaheks: maaparanduse kateeder ja vesiehituse kateeder.
1992.a. moodustati kateedrite baasil 3 õppetooli: maaparanduse, vesiehituse, hüdraulika ja veekaitse. 1994.a. 1. sept. ühendati kõik 3 õppetooli üheks instituudiks. Alates 1. jaanuarist 2006 on kasutusel nimetus veemajanduse osakond.
