Veemajanduse osakonnal on laialdane koostöö Eesti ja välismaa uurimis- ja riigiasutusteasutustega, jt organisatsioonidega, labiviimaks väga erineavaid teadus-arendusprojekte. Suuremad projektid:
Interreg IVA project: Active Wetlands
Aktiivsete märgalameetmete abil toitainekoormuse vähendamine Läänemeres
Periood 2010-2012
http://www2.wwf.fi/english/finland/active_wetlands_reducing/
Eesti kliima ja keskkonnaseisundi võimalike muutuste hindamine atmosfääri-, mere- ja jõgede äravoolu dünaamiliste mudelite tulemuste põhjal (EstKliima)
Periood 2012-2014
Biolagunevatest jäätmetest valmistatud komposti ohutu kasutamine
Periood 2011-2014
